Het werkgebied van Muskusrattenbeheer omvat de provincie Noord Holland en het grootste deel van de provincies Utrecht en Zuid Holland.

Muskusrattenbeheer is een samenwerking van zes waterschappen:

• Hollands Noorderkwartier
• Rijnland
• Delfland
• Schieland en de Krimpenerwaard
• Amstel, Gooi en Vecht
• De Stichtse Rijnlanden

Muskusrattenbeheer wordt aangestuurd door Hoogheemraadschap De Stichtse Rijnlanden.