Bij grote droogte, zoals bijvoorbeeld in 2003, wordt een speciale route gebruikt om het westen van Nederland van voldoende zoet water te voorzien (Kleinschalige Water Aanvoer). Via Gemaal De Koekoek, gemaal De Keulevaart, de inlaat bij de Enkele Wiericke en de Oude Rijn wordt er extra water naar Bodegraven aangevoerd. Ook wordt gemaal De Aanvoerder in De Meern ingezet, om extra water uit het Amsterdam-Rijnkanaal naar Bodegraven te pompen. Daar verlaat het via de sluis het beheersgebied van Hoogheemraadschap De Stichtse Rijnlanden en neemt het Hoogheemraadschap van Rijnland het stokje over.
Het westelijk deel van het gebied ligt onder het niveau van de zeespiegel. Vandaar dat deze polders niet op een natuurlijke manier kunnen afwateren. Via gemalen wordt het water naar de boezemwateren met hun hogere peil gepompt (Leidsche en Oude Rijn, Hollandse IJssel etc.).
De polders ten noorden en ten zuiden van de Oude Rijn wateren op deze rivier af. De Oude Rijn en de boezems de Lange Linschoten, de Wierickes, en de Kamerikse wetering vormen één systeem met één waterpeil. Het gebied ten noordoosten van Woerden watert via de Bijleveld af op het Amsterdam-Rijnkanaal. De Lopikerwaard watert, via gemaal De Koekoek voor de helft af op de Lek en voor de andere helft via gemaal De Keulevaart, De Pleijt en De Hoekse Molen af op de Hollandse IJssel. De gemalen in het gebied zijn zo gebouwd, dat zij een bui van 22 mm in één dag kunnen wegpompen. Als er meer regen valt, duurt het dus langer voordat het water weggepompt is.
